Mâu thuẫn giữa hai đại tướng
Trần Quang Diệu người của phái Bùi Đắc Tuyên (Bùi Thị Xuân vợ Trần Quang Diệu là cháu Tuyên), lúc này đang đánh quân của Nguyễn Ánh ở Diên Khánh hay tin tại triều có biến, mất hết tinh thần chiến đấu, bỏ thành Diên Khánh mang quân về Quy Nhơn.
Dũng cho Nguyễn Văn Huấn vào Quy Nhơn mưu giết Trần Quang Diệu, việc không thành, Huấn trở về Phú Xuân. Diệu cũng mang quân về Phú Xuân đánh Dũng. Diệu đóng quân ở nam sông Hương, Võ Văn Dũng hay tin bèn cho dàn quân ở mạn bắc định cự lại.
Nhờ Nguyễn Văn Huấn ra chịu tội và nhờ vua Cảnh Thịnh cho Phan Huy Ích đến khuyên giải, mâu thuẫn giữa hai đại tướng mới được thu xếp ổn thoả. Vua Cảnh Thịnh phải phong cho Diệu làm Thiếu phó, Dũng làm Đại tư đồ, Nguyễn Văn Huấn, người của Dũng được phong làm Thiếu bảo. Nguyễn Văn Danh người của Diệu được phong làm Đại tư mã. Diệu, Danh, Dũng, Huấn là tứ trụ đại thần, nắm hết quyền chính và tìm cách hại lẫn nhau.
Năm 1799, Quy Nhơn bị chúa Nguyễn Phúc Ánh đánh ngặt, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng vào cứu. Do quân lệnh không nghiêm, quân của Võ Văn Dũng thất lợi.
Nghe lời dèm của Trần Viết Kiết và Hồ Công Diệu, vua Cảnh Thịnh viết mật thư lệnh cho Võ Văn Dũng bắt Trần Quang Diệu giết đi. Võ Văn Dũng không nghe, tin cho Diệu biết. Diệu liền dẫn quân về triều xin bắt gian thần trị tội buộc nhà vua phải nộp Trần Viết Kiết và Hồ Công Diệu.
Sống sót khỏi sự chu diệt của Nguyễn Ánh
Năm 1800, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng cùng vào đánh Quy Nhơn. Năm sau chúa Nguyễn đem đại quân ra cứu phá tan thuỷ quân của Tây Sơn do Võ Văn Dũng chỉ huy ở cửa biển Thị Nại. Đại bại, Võ Văn Dũng dẫn tàn quân chạy đến chỗ Trần Quang Diệu rồi cùng vây thành Quy Nhơn.
Tháng 3 âm lịch năm 1802, nghe tin vua Cảnh Thịnh và Đô đốc Bùi Thị Xuân thua trận ở Trấn Ninh, Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu đành bỏ thành Quy Nhơn đã chiếm được đem binh tượng đi đường thượng đạo qua Lào ra Nghệ An định hội quân với vua Cảnh Thịnh.
Trên đường hành quân, bị Nguyễn Ánh vây đánh gây thiệt hại lớn. Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu theo đường Lào đi đến Quỳ Hợp xuống Hương Sơn thì quân Nguyễn Ánh đã chiếm Nghệ An.
Võ Văn Dũng, Trần Quang Diệu, Bùi Thị Xuân rút quân về Thanh Chương, quân lính bỏ trốn gần hết. Mấy hôm sau, hai vợ chồng Trần Quang Diệu và Bùi Thị Xuân bị bắt. Còn Võ Văn Dũng đem tàn quân chạy ra Bắc nhưng đến Nông Cống cũng bị bắt nốt.
Ngày 2/11/1802 Võ Văn Dũng bị vua Gia Long hành hình một cách dã man cùng với nhiều tướng lĩnh Tây Sơn khác. Tuy nhiên theo ý kiến của Quách Tấn và một số tài liệu khác cùng nhiều hậu duệ họ Võ lại tin rằng ông đã chạy thoát được.
Sau ông quay về vùng An Khê, nay thuộc Gia Lai sinh sống ở đó đến 90 tuổi mới mất. Như vậy thì Võ Văn Dũng là một trong số ít các tướng của Tây Sơn sống sót khỏi sự chu diệt của Nguyễn Ánh.
Năm 1907, con cháu Võ Văn Dũng đã đem hài cốt của ông về cải táng tại quê nhà làng Phú Phong. Hiện nay, cứ đến ngày 8 tháng 2 âm lịch, con cháu dòng tộc Võ lại tập trung tại từ đường Võ Văn Dũng tại thôn Phú Mỹ để cùng làm lễ cúng tổ tiên và lễ giỗ cho ông. Võ Văn Dũng - một trong những tướng lĩnh trung thành cuối cùng đã chiến đấu để bảo vệ sự tồn tại của vương triều Tây Sơn.