Theo UBND TPHCM, mặc dù Ban an toàn thực phẩm (ATTP) đã đạt nhiều kết quả trong công tác đảm bảo ATTP trên địa bàn TP, song còn gặp một số khó khăn trong mô hình tổ chức và công tác thanh tra chuyên ngành.

Cụ thể, trong thời gian thí điểm, Ban được giao nhiệm vụ của một cơ quan tương đương cấp Sở, nhưng các cơ chế và quy định pháp luật trong một số trường hợp không có hướng dẫn cụ thể của các bộ, ngành liên quan cho mô hình thí điểm này, nên còn nhiều lúng túng trong thực tế.

Khó khăn nữa phải kể đến là cơ chế, chính sách trong quản lý nông sản. Theo UBND TP, sản xuất nông nghiệp tại TP chỉ đáp ứng được 20 - 30% nhu cầu thực phẩm của người dân TP, phần còn lại từ các tỉnh hoặc nhập khẩu. Do vậy việc thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm còn hạn chế, cần có sự phối hợp kiểm soát chất lượng thực phẩm từ tỉnh trước khi đưa về TP tiêu thụ.

Bên cạnh đó, các quy định tạm giữ lô hàng trong thời gian chờ kết quả phân tích định lượng chưa được thực hiện; nếu kết quả dương tính khi phân tích định lượng thì lô hàng đã được phân phối không còn tại chợ. Vì vậy, việc xử lý vi phạm về ATTP đối với các nông sản thực phẩm tươi sống bị nhiễm khuẩn hoặc có hóa chất... chỉ xử lý vi phạm hành chính (phạt tiền), còn áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả (tịch thu, tiêu hủy) là không thể.

Theo ông Cao Thanh Bình, Phó ban Kinh tế - Ngân sách HĐND TP, hiện một số lĩnh vực thực phẩm do Ban Quản lý ATTP đảm nhiệm nhưng công tác phối hợp không hề dễ dàng vì Sở với Ban cũng tương đương nhau không dễ điều người đi, còn nếu về một đầu mối thì việc cử người rất thuận lợi. 

Do đó, UBND TP đề xuất cho Ban chính thức trở thành Sở ATTP TPHCM, chịu sự quản lý chuyên môn của 3 bộ: Y tế, Công Thương, NN-PTNT. Sở ATTP có thanh tra  giúp Giám đốc Sở thanh tra hành chính, thanh tra chuyên ngành...

UBND TPHCM cũng kiến nghị Thủ tướng cho phép chuyển 259 viên chức (sự nghiệp) của Ban được giao năm 2019 sang thành 259 công chức (hành chính) cho phù hợp với chức năng của Ban là cơ quan quản lý hành chính nhà nước, số biên chế hành chính này được tính tăng trong tổng số biên chế hành chính mà Bộ Nội vụ giao cho TPHCM.