Cụ thể, theo Quyết định 489, cơ quan thuế chuyển tin báo về tội phạm, đề nghị xác minh, điều tra; chuyển hồ sơ kiến nghị khởi tố đến cơ quan điều tra khi phát hiện người nộp thuế có hành vi vi phạm pháp luật về thuế, có dấu hiệu tội phạm trong lĩnh vực thuế như trốn thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế.

Hay in phát, mua, bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước; vi phạm về bảo quản hóa đơn, quản lý hóa đơn (gọi chung là hành vi vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu phạm tội).

Cũng theo Tổng cục Thuế, vi phạm pháp luật về thuế có một số hành vi chủ yếu như hàng hóa, dịch vụ bán ra có giá bán, giá chuyển nhượng ghi trên hợp đồng thấp hơn giá thị trường đối với những giao dịch lớn như chuyển nhượng vốn, bất động sản, phương tiện giao thông, vận tải…

Hay hóa đơn của những doanh nghiệp đã ngừng, nghỉ kinh doanh trước thời điểm cơ quan thuế thông báo và không kê khai đầu ra, doanh nghiệp có liên quan đến những vụ án đang được xét xử, điều tra.

Đồng thời, những giao dịch đáng ngờ từ cơ quan thanh tra giám sát Ngân hàng Nhà nước chuyển qua cơ quan thuế. Các thông tin từ các cơ quan thuế quốc tế, đơn thư khiếu nại, tố cáo, thông tin từ các vụ án liên quan.

Các doanh nghiệp có doanh thu lớn nhưng không có trụ sở, kho bãi, bến bãi… cố định (chủ yếu đi thuê, mượn…), không có phương tiện vận tải hoặc không phát sinh chi phí vận chuyển, bốc xếp; có dấu hiệu vi phạm pháp luật khác.

Đồng thời, cơ quan thuế chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm để kiến nghị khởi tố hình sự khi phát hiện tội phạm trong quá trình thanh, kiểm tra thuế; xử phạt vi phạm hành chính…

Trường hợp cơ quan điều tra có quyết định khởi tố hình sự thì người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính phải hủy bỏ quyết định vi phạm hành chính.

Đồng thời chuyển toàn bộ tang vật, phương tiện vi phạm hành chính, tài liệu cho cơ quan tố tụng hình sự. Trong trường hợp cơ quan điều tra quyết định không khởi tố vụ án, cơ quan thuế tiến hành xử phạt hành chính.