Quy hoạch cho biết, mục tiêu tổng quát đến năm 2030, ĐBSCL phải trở thành trung tâm kinh tế nông nghiệp bền vững, hiệu quả cao... 

Trong đó, phương hướng phát triển nông nghiệp là phát triển các sản phẩm chiến lược theo 3 trọng tâm: thủy sản, trái cây, lúa gạo theo hướng tăng tỷ trọng thủy sản, trái cây và giảm tỷ trọng lúa gạo.

Để đạt được mục tiêu trên, Quy hoạch đề ra công tác xây dựng 3 tiểu vùng sinh thái gồm:

Vùng sinh thái ngọt ở thượng nguồn và trung tâm của đồng bằng (bao gồm các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Hậu Giang, Vĩnh Long, thành phố Cần Thơ và một phần của các tỉnh Kiên Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Long An); là vùng sinh thái nước ngọt an toàn trước tác động của lũ, ngập, xâm nhập mặn; là vùng trọng điểm về sản xuất lúa, thủy sản nước ngọt và trái cây của vùng đồng bằng sông Cửu Long và quốc gia; phát triển nền nông nghiệp đa dạng, theo hướng hiện đại và bền vững, có tính đến thích ứng với lũ cực đoan, đóng vai trò điều tiết và hấp thu lũ cho đồng bằng sông Cửu Long.

 Vùng sinh thái mặn - lợ ở ven biển (bao gồm một phần lãnh thổ của các tỉnh Kiên Giang, Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Long An): Phát triển nuôi trồng thuỷ sản nước mặn, mặn - lợ trên bờ và trên biển; đánh bắt hải sản; khôi phục và phát triển rừng ngập mặn ven biển gắn với bảo vệ đa dạng sinh học và dải bờ biển; phát triển hệ thống nông - lâm kết hợp theo hướng sinh thái, hữu cơ, kết hợp du lịch sinh thái; chủ động phòng, tránh, giảm thiểu rủi ro thiên tai, biến đổi khí hậu và nước biển dâng.

Vùng chuyển tiếp ngọt - lợ ở giữa đồng bằng (bao gồm một phần lãnh thổ của các tỉnh Kiên Giang, Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Long An): Phát triển thuỷ hải sản nước lợ chuyên canh và luân canh với lúa, rau màu phù hợp với điều kiện về nguồn nước theo mùa.  Phát triển các sản phẩm chiến lược theo ba trọng tâm: Thủy sản, trái cây và lúa gạo theo hướng tăng tỷ trọng thủy sản, trái cây và giảm tỷ trọng lúa gạo. Phát triển nông nghiệp hàng hóa chất lượng cao, kết hợp với thương mại, dịch vụ logistic, du lịch sinh thái, công nghiệp, trọng tâm là công nghiệp chế biến, nâng cao giá trị và sức cạnh tranh của sản phẩm nông nghiệp.  

Ngoài ra, cần phát triển hệ thống các trung tâm đầu mối về nông nghiệp gắn với vùng chuyên canh, kết nối với các đô thị có vai trò là trung tâm cấp vùng, tiểu vùng và các đầu mối hạ tầng quốc gia, liên vùng; là nơi cung cấp các dịch vụ về logistics, nghiên cứu phát triển, đào tạo và chuyển giao công nghệ, thu gom, chế biến sâu, ứng dụng công nghệ cao nhằm nâng cao giá trị và sức cạnh tranh của các sản phẩm nông nghiệp.