Theo ghi nhận, hiện việc cập nhật cơ sở dữ liệu về đất đai của thành phố vẫn còn gặp khó do vướng mắc ở nhiều khâu. Về số liệu, hiện trên địa bàn thành phố hiện có tổng số thửa đất đăng ký trong cơ sở dữ liệu là 1.896.699 thửa (hồ sơ), tổng số Giấy chứng nhận quản lý trong cơ sở dữ liệu là 1.818.495 thửa (hồ sơ), tổng số hồ sơ scan (quét) liên kết trong cơ sở dữ liệu là 1.732.119 thửa (hồ sơ).
Việc xây dựng, hợp nhất cơ sở dữ liệu đất đai là nhằm đảm bảo cung cấp thông tin nhanh gọn, chính xác phục vụ quản lý nhà nước về đất đai và nhu cầu khai thác thông tin thường xuyên cho người dân và doanh nghiệp. Tuy nhiên, khi kiểm tra, rà soát trong thực tế, việc hợp nhất thông tin gặp rất nhiều khó khăn. Lý do, các quận, huyện giao cho phòng TNMT kiểm tra bản vẽ đối với các trường hợp cấp giấy chứng nhận (GCN) lần đầu, chuyển mục đích sử dụng đất... chưa đúng theo thẩm quyền (như quận 3, 8, 12, Hóc Môn…), dẫn tới thông tin không đồng nhất. Trong khi đó, việc cập nhật pháp lý bản đồ trên 02 hệ thống bản đồ địa chính hiện do 02 cơ quan quản lý thực hiện. Dẫn đến chồng ranh lấn thửa, khó khăn trong quản lý cập nhật biến động thông tin thửa đất.
Bên cạnh đó, hiện vẫn còn một số đơn vị cập nhật cơ sở dữ liệu với mục tiêu để in Giấy chứng nhận, mà chưa quan tâm đến chất lượng dữ liệu đầu vào. Cụ thể là hệ thống số hồ sơ gốc, số vào sổ, các chỉ số biến động, liên kết hồ sơ quét số với cơ sở dữ liệu…. Dẫn tới việc kiểm soát thông tin trên hồ sơ giấy và hồ sơ số để đảm bảo tất cả Giấy chứng nhận trước khi trình ký phải được quản lý, cập nhật, khai thác sử dụng cơ sở dữ liệu địa chính vẫn chưa được quan tâm đúng mức và thực hiện thường xuyên trên toàn hệ thống.
Hiện, Văn phòng Đăng ký đất đai hiện không có Phòng chuyên môn thực hiện nhiệm vụ quản lý, khai thác vận hành cơ sở dữ liệu. Mà chủ yếu là giao cho phòng ban kiêm nhiệm, nên chất lượng dữ liệu không tốt. Do đó càng gây khó cho hoạt động xây dựng cơ sở dữ liệu, hiện đại hoá hệ thống quản lý và cập nhật, chỉnh lý biến động nguồn dữ liệu đất đai thống nhất từ cấp huyện đến cấp xã.