Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ có hiệu lực từ 1/3/2021 quy định, doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

Thông tư số 03/2021/TT-BTC nêu rõ, doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp phải đáp ứng 4 điều kiện, cụ thể:

Một là, được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Hai là, doanh thu hằng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hằng năm của doanh nghiệp. Doanh thu hằng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ là doanh thu của toàn bộ các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học công nghệ. Tổng doanh thu hằng năm của doanh nghiệp là toàn bộ doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, doanh thu từ hoạt động tài chính và thu nhập khác của doanh nghiệp (tổng doanh thu bao gồm cả doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong năm đó).

Ba là, doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường. Tiêu chí, cơ sở xác định dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là dịch vụ mới thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

Bốn là, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.