Theo UBND tỉnh Hậu Giang, từ giữa tháng 3 đến đầu tháng 5/2019, sông Cái Lớn và các kênh nhánh đã xảy ra 4 đợt ô nhiễm nước mặt (ô nhiễm hữu cơ làm nước có màu đen và phát sinh mùi hôi). UBND tỉnh đã chủ động báo cáo Bộ TN&MT xin ý kiến chỉ đạo. Trong khi chờ ý kiến của bộ, địa phương đã chỉ đạo Sở TN&MT tỉnh khẩn trương phối hợp với các đơn vị hữu quan rà soát các nguồn thải, thu thập, xác minh dữ liệu chuyên ngành về môi trường.

Kết quả cho thấy, nguồn nước sông Cái Lớn và các kênh nhánh bị ô nhiễm hữu cơ bởi các nguồn thải dọc sông. Trong đó, nguyên nhân chính là từ hoạt động xả thải của Nhà máy thuộc Công ty TNHH Mía đường, cồn Long Mỹ Phát.

UBND tỉnh Hậu Giang đã chỉ đạo công an tỉnh xem xét các hành vi vi phạm của công ty này để xử lý nghiêm theo quy định. Đồng thời, tỉnh Hậu Giang cũng chỉ đạo Sở TN&MT phối hợp với đoàn Thanh tra của Bộ TN&MT để thanh tra toàn diện công tác bảo vệ môi trường tại nhà máy của công ty này.

Nhiều hộ dân tại xã Vĩnh Thuận Đông, huyện Long Mỹ  điêu đứng vì cá lóc và một số loại thủy sản nuôi trên sông bị chết vì nước ô nhiễm.

Đối với thiệt hại do ô nhiễm nguồn nước mặt, tỉnh Hậu Giang đã chỉ đạo UBND thị xã Long Mỹ và huyện Long Mỹ thống kê, xác định thiệt hại và có phương án giải quyết phù hợp, đúng quy định đối với những ảnh hưởng và thiệt hại của người dân. Đặc biệt, chú ý xác định lượng thủy sản nuôi trên sông bị chết trong thời gian qua.