Theo đó, khu vực nghiên cứu chính không gian xây dựng ngầm đô thị trung tâm thuộc địa giới hành chính 20 quận, huyện gồm: Hoàn Kiếm, Ba Đình, Đống Đa, Hai Bà Trưng, Cầu Giấy, Tây Hồ, Thanh Xuân, Hoàng Mai, Hà Đông, Nam Từ Liêm, Bắc Từ Liêm, Long Biên, Mê Linh, Đông Anh, Gia Lâm, Đan Phượng, Hoài Đức, Thanh Oai, Thanh Trì, Thường Tín.

Về định hướng phát triển không gian xây dựng ngầm tại các đô thị vệ tinh Sóc Sơn, Sơn Tây, Hòa Lạc, Xuân Mai, Phú Xuyên khuyến khích phát triển không gian công cộng ngầm xung quanh các tuyến đường sắt dự kiến kết nối với đô thị trung tâm.

Về công trình ngầm, theo quy hoạch sẽ phân vùng chức năng để xây dựng. Cụ thể, phân bố theo chiều ngang trong đô thị trung tâm các khu vực có tiềm năng xây dựng công trình ngầm gồm: khu vực nội đô (nội đô lịch sử và nội đô mở rộng); khu vực phát triển mới cao tầng tại Bắc Sông Hồng và chuỗi đô thị Đông vành đai 4, các dự án trong vành đai xanh và tại các trục không gian Hồ Tây - Ba Vì, Tây Hồ Tây, Hồ Tây - Cổ Loa và khu vực dọc theo hành lang các tuyến đường sắt đô thị.

Khu phố cổ Hà Nội sẽ hạn chế tối đa việc xây dựng công trình ngầm. Các hoạt động xây dựng, khai thác không gian ngầm sẽ bị cấm tại Khu vực bảo vệ các công trình, khu vực được xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt ở đô thị trung tâm: Khu Trung tâm Hoàng thành Thăng Long - Hà Nội; Khu di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch; Khu Văn Miếu - Quốc Tử Giám; Khu Cổ Loa; Khu Đền Hai Bà Trung; Khu Hồ Hoàn Kiếm và Đền Ngọc Sơn.

Về không gian ngầm, các đầu mối giao thông công cộng lớn của thành phố (TOD, ga đường sắt đô thị, ga đường sắt quốc gia) sẽ là hạt nhân phát triển không gian xây dựng công cộng ngầm. Trong phạm vi 500m từ đầu mối TOD, sử dụng tối đa chiều sâu để hình thì không gian công cộng ngầm tại các công trình cao tầng, trung tâm thương mại, thể dục thể thao, quảng trường, sân vận động…