Theo đó, phạm vi lập quy hoạch dự kiến được xác định trên cơ sở khu vực bảo vệ I của di tích theo Quyết định số 548/QĐ-TTg ngày 10/2/2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt, diện tích 5,433 ha, bao gồm 3 khu vực: Khu Nội tự, Vườn Giám và Hồ Văn. Nội dung Nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu là xác định yêu cầu nghiên cứu, khảo sát, đánh giá hiện trạng di tích, trong đó, khảo sát, điều tra, sưu tầm tài liệu, tổng hợp các dữ liệu, số liệu về lịch sử, văn hóa của di tích; chụp ảnh, vẽ ghi, phân tích đánh giá kiến trúc của các công trình; khảo sát đo đạc địa hình tỷ lệ 1/500 phạm vi quy hoạch; khảo sát tình trạng kỹ thuật của các hạng mục công trình tại di tích; khảo sát các di sản văn hóa phi vật thể, di sản tư liệu gắn với di tích.
Bên cạnh đó, khảo sát hiện trạng và đánh giá hiệu quả công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di tích; tình hình đầu tư các dự án bảo tồn, tu bổ các di tích trong giai đoạn trước đây, các dự án hỗ trợ phát huy giá trị di tích; khảo sát hiện trạng và đánh giá hiệu quả hoạt động du lịch và các hoạt động văn hóa khác tại di tích khác. Khảo sát, đánh giá hiện trạng sử dụng đất, cơ sở hạ tầng kỹ thuật khu vực quy hoạch; hiện trạng kiến trúc, xây dựng đối với các công trình trong khu vực nghiên cứu, đặc biệt kiến trúc mặt tiền của các phố Nguyễn Thái Học, Văn Miếu, Quốc Tử Giám và Tôn Đức Thắng bao quanh khu di tích; khảo sát hệ thống giao thông và những áp lực đô thị lên di tích, nhận diện những nguy cơ xung đột giữa phát triển đô thị và bảo tồn di tích.
Về nội dung và định hướng bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích, xác định ranh giới khu vực bảo vệ I và II của di tích; kiến nghị về việc điều chỉnh mở rộng hoặc thu hẹp các khu vực bảo vệ di tích phù hợp. Xác định cảnh quan, khu vực cần quản lý xây dựng. Định hướng giải phóng mặt bằng, giải tỏa vi phạm lấn chiếm và phương án tái định cư. Định hướng bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích, bao gồm: Lập danh mục các đối tượng di tích cần bảo quản, tu bổ, phục hồi và mức độ bảo quản, tu bổ, phục hồi đối với từng hạng mục; xác định nguyên tắc và giải pháp cơ bản đối với việc bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích; biện pháp quản lý và bảo vệ đối với di vật, cổ vật tại di tích.