Theo tờ trình của Chính phủ, việc dành một phần vốn ngân sách Trung ương từ nguồn 10.000 tỷ đồng để thanh toán nợ hỗ trợ chi phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, giải phóng mặt bằng cho dự án Đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng theo cam kết trước đây của Chính phủ “là khả thi”, “thuộc nghĩa vụ của ngân sách trung ương”, phù hợp với Nghị quyết của Quốc hội và nhằm triển khai thực hiện kết luận của Bộ Chính trị về Đề án Tái cơ cấu Ngân hàng Phát triển Việt Nam. Riêng trong hai năm 2017, 2018, số vốn hỗ trợ các địa phương từ nguồn dự phòng ngân sách trung ương đạt trên 12,5 nghìn tỷ đồng. Do vậy, Chính phủ trình Quốc hội xem xét, quyết định, cho phép bố trí 4.069 tỷ đồng từ khoản 10.000 tỷ đồng để bố trí cho dự án nêu trên của Bộ GTVT.
Tại Quyết định số 746/QĐ-TTg ngày 29/5/2014, Thủ tướng Chính phủ đã giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và Bộ Giao thông vận tải bố trí nguồn vốn ngân sách Nhà nước để hỗ trợ chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng, tái định cư cho Dự án.
Tổng công ty Phát triển hạ tầng và Đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI) được Thủ tướng Chính phủ giao là chủ đầu tư Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng theo hình thức hợp đồng xây dựng - vận hành - chuyển giao (BOT). Theo số liệu cập nhật của VIDIFI và Ngân hàng Phát triển Việt Nam, chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng của Dự án khoảng 4.069 tỷ đồng.
Trước đó, vào năm 2007, dự án QL5 đã mãn tải, Thủ tướng quyết định đầu tư xây dựng tuyến đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng. Trong bối cảnh ngân sách nhà nước khó khăn, Chính phủ đã kêu gọi nhà nước và tư nhân cùng làm theo mô hình PPP. Tuy nhiên, do ngân sách khó khăn, không đủ vốn đầu tư tuyến đường theo hình thức PPP nên dự án được đầu tư theo cơ chế thí điểm. Theo đó, phần tham gia vốn nhà nước vào dự án được trả dần bằng ngân sách và bằng tiền sử dụng đất, tiền thuê đất ở các khu đô thị được hình thành sau khi xây tuyến đường.
Tại dự án cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, ngân sách nhà nước sẽ bố trí thanh toán chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng là 4.069 tỷ đồng, trả nợ gốc đến hạn các khoản vay nước ngoài 300 triệu USD (thời gian từ 13-30 năm). Tuy nhiên đến nay tất cả nguồn kinh phí trên vẫn chưa được hoàn trả.