Những bộ phận bị tổn thương nhiều nhất hậu Covid-19 bao gồm:

Hệ miễn dịch: Người mắc Covid-19 kéo dài bị rối loạn chức năng miễn dịch trong khoảng 8 tháng. Theo nghiên cứu đăng tải trên tạp chí Nature Immunology, virus sẽ để lại vật chất di truyền trong mô, ruột, hạch bạch huyết...trong vài tháng.

Covid-19 cũng kích hoạt phản ứng tự miễn kéo dài, gây tổn hại cơ thể.

Hệ tuần hoàn: Các nghiên cứu ban đầu cho thấy, rối loạn chức năng hệ tuần hoàn có thể làm giảm lưu lượng oxy đến mô cơ, hạn chế khả năng hiếu khí, gây mệt mỏi nghiêm trọng. Nhiều bệnh nhân mệt mỏi triền miên, không thể hoạt động thể chất rất lâu sau khi mắc bệnh. 

Các nhà nghiên cứu Nam Phi đã phát hiện một vấn đề tuần hoàn khác là "cục máu đông vi thể" hình thành trong quá trình nhiễm nCoV cấp tính và vỡ ra một cách tự nhiên, nhưng lưu lại ở người mắc Covid-19 kéo dài. Các cục máu đông có thể làm tắc nghẽn mao mạch nhỏ mang oxy đến khắp các mô cơ. Lượng chất gây viêm cytokine cũng tăng lên, làm tổn thương ty thể cung cấp năng lượng cho tế bào, gây viêm thành mạch máu, hạn chế hấp thụ oxy.

Não bộ: Ngay cả những người mắc Covid-19 nhẹ cũng có thể bị suy giảm nhận thức kéo dài, biểu hiện mất tập trung, suy giảm trí nhớ và khó khăn về ngôn ngữ. 

Các nhà nghiên cứu phát hiện, virus có thể kích hoạt quá mức tế bào miễn dịch microglia, gây ra vấn đề nhận thức tương tự quá trình lão hóa, cơ chế giống với một số bệnh thoái hóa thần kinh.

Tổn thương phổi: Triệu chứng phổ biến của người bệnh là hụt hơi, khó thở. Nhưng trong các xét nghiệm thông thường như X-quang lồng ngực, chụp CT và xét nghiệm chức năng, phổi của người bệnh đã trở lại bình thường.

Chụp cộng hưởng từ (MRI) cho thấy phổi của người đã khỏi bệnh hấp thụ oxy kém hiệu quả hơn người khỏe mạnh, ngay cả khi cấu trúc phổi có vẻ bình thường.