Vụ việc ông Lê Vinh Danh, Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng bị đình chỉ công tác 90 ngày để để kiểm điểm, xem xét xử lý trách nhiệm về mặt chính quyền khiến dư luận đặt câu hỏi: Việc làm đó có đúng luật hay không? Bởi vì, theo Luật Giáo dục đại học số 34/2018/QH14 thì Hội đồng trường có quyền quyết định nhân sự Hiệu trưởng.

Trả lời câu hỏi của báo chí liên quan đến vấn đề này, tại cuộc họp báo, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Nguyễn Văn Phúc cho biết, Luật Giáo dục năm 2012 và Luật Giáo dục đại học sửa đổi số 34 đã quy định, với cơ sở giáo dục đại học công lập thì các tổ chức đảng và đảng viên, đoàn thể thực hiện theo quy định của Đảng.

Bởi vậy, đối với việc giải quyết và xử lý liên quan tới Trường Đại học Tôn Đức Thắng, các cơ quan hữu quan không chỉ thực hiện theo Luật sửa đổi số 34, Nghị định 99 mà vận dụng tất cả các quy định của pháp luật, các luật khác liên quan đến sự nghiệp công lập. 

Bà Nguyễn Thu Thủy, quyền Vụ trưởng Vụ Giáo dục đại học cho biết, đối với trường hợp của Trường Đại học Tôn Đức Thắng, dư luận đang có nhiều quan tâm và vấn đề đang trong quá trình giải quyết, Bộ GD&ĐT cũng đã báo cáo với Chính phủ các vấn đề liên quan tới trường để có phương án giải quyết.