Mục tiêu của Đồ án nhằm cụ thể hóa nội dung đồ án điều chỉnh quy hoạch xây dựng vùng tỉnh Bắc Ninh đến năm 2035, tầm nhìn đến năm 2050 được phê duyệt. Được sử dụng làm cơ sở pháp lý để triển khai các đồ án quy hoạch phân khu trong KCN, đầu tư xây dựng và quản lý xây dựng đối với các dự án trong KCN theo quy hoạch. Theo đó, KCN Yên Phong được xây dựng là KCN tập trung, thân thiện với môi trường với hệ thống hạ tầng đồng bộ, hiện đại.
Diện tích lập quy hoạch Đồ án khoảng 655 ha, thuộc các xã Đông Tiến, Tam Giang, Hòa Tiến và thị trấn Chờ, huyện Yên Phong. Phía Bắc giáp Đường tỉnh 285B, phía Đông giáp khu dân cư cũ và Đường tỉnh 295; phía Tây giáp đê sông Cà Lồ và thôn Yên Vĩ (xã Hòa Tiến), phía Nam giáp Quốc lộ 18 và thôn Trác Bút, thị trấn Chờ.
Theo Đồ án, KCN Yên Phong II được chia làm 3 phân khu. Phân khu A nằm ở phía Tây Quốc lộ 3 với diện tích khoảng 151,27 ha. Phân khu B nằm giữa Quốc lộ 3 và Đường tỉnh 277 với diện tích khoảng 282,67 ha. Phân khu C nằm ở phía Đông Đường tỉnh 277 với diện tích khoảng 221,06 ha. Các phân khu bố trí đầy đủ các chức năng (sản xuất, khu điều hành, dịch vụ; cây xanh, giao thông, bãi đỗ xe và các công trình hạ tầng kỹ thuật đầu mối...) và được kết nối với nhau qua các trục giao thông đối ngoại và hệ thống hạ tầng kỹ thuật khung của khu công nghiệp.
Quy hoạch sử dụng đất bao gồm: Đất xây dựng công trình điều hành, dịch vụ diện tích 26ha, mật độ xây dựng 50%; Đất xây dựng nhà máy, kho tàng diện tích hơn 435ha, mật độ xây dựng 60%; Đất cây xanh diện tích hơn 76ha, mật độ xây dựng 10%; Đất xây dựng công trình hạ tầng kỹ thuật (bãi đỗ xe, xử lý nước thải, nhà máy cấp nước, trạm biến áp...) diện tích hơn 20ha, mật độ xây dựng 30%; Đất nghĩa trang diện tích 22,14 ha, mật độ xây dựng 10%; Đất đường giao thông diện tích hơn 75 ha.
Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án đầu tư xây dựng hệ thống hạ tầng kỹ thuật KCN Yên Phong II-C, tỉnh Bắc Ninh. Theo đó, dự án có tổng vốn đầu tư 2.234 tỷ đồng do Tổng Công ty Viglacera - CTCP làm chủ đầu tư, có diện tích 219,22 ha. Thời hạn thực hiện dự án là 50 năm kể từ ngày quyết định chủ trương đầu tư.