Phổi: Nơi xảy ra vụ nổ 
Với hầu hết các bệnh nhân, Covid-19 bắt đầu và kết thúc ở phổi, bởi vì giống với cúm, các coronavirus là tác nhân gây bệnh đường hô hấp. 
Sau khi dịch SARS bùng phát, WHO đã báo cáo rằng bệnh này thường tấn công phổi theo ba giai đoạn: Nhân đôi virus, phản ứng quá mẫn miễn dịch và phá hủy phổi. Thực tế chỉ có 25% tổng số bệnh nhân SARS bị suy hô hấp, dấu hiệu xác định của các trường hợp nặng. Tương tự, theo dữ liệu ban đầu, 28% bệnh nhân nhiễm Covid-19 có diễn tiến nặng hoặc trầm trọng.
Theo PGS Matthew B. Frieman ở Đại học Maryland, trong những ngày đầu bị nhiễm virus, Covid-19  nhanh chóng xâm nhập vào các tế bào phổi. Những tế bào phổi đó có hai loại: tế bào tạo ra chất nhầy và tế bào có lông mao.
SARS rất thích lây nhiễm và tiêu diệt các tế bào có lông mao, sau đó làm bong tróc và lấp đầy đường thở của bệnh nhân bởi các mảnh vụn và dịch. Các nghiên cứu sớm nhất về Covid-19 đã chỉ ra rằng nhiều bệnh nhân bị viêm phổi ở cả hai phổi, kèm theo các triệu chứng giống như khó thở.
Giai đoạn 2 là khi hệ thống miễn dịch bắt đầu hoạt động để loại trừ các tổn thương và sửa chữa mô phổi. Khi việc này diễn ra đúng cách, quá trình viêm này được điều hòa chặt chẽ và chỉ giới hạn ở các vùng bị nhiễm virus. Nhưng đôi khi hệ thống miễn dịch gặp trục trặc và những tế bào đó tiêu diệt mọi thứ theo cách của chúng, bao gồm cả mô khỏe mạnh. Vì vậy bạn nhận được nhiều tổn thương, thậm chí có nhiều mảnh vụn làm tắc nghẽn phổi và viêm phổi trở nên tệ hơn.
Trong giai đoạn 3, tổn thương ở phổi tiếp tục diễn ra nên có thể dẫn đến suy hô hấp. Ngay cả khi qua khỏi, phổi cũng bị tổn thương vĩnh viễn. Theo WHO, SARS đục nhiều lỗ trên phổi, tạo ra các hình dạng giống như tổ ong - và các tổn thương này cũng hiện diện ở các coronavirus chủng mới. Do vậy, bệnh nhân thường phải đươc đặt máy thở để hỗ trợ hô hấp. 
Hệ tiêu hóa
Trong các đợt bùng phát SARS và MERS, gần 1/4 bệnh nhân bị tiêu chảy. Bởi, khi virus nào xâm nhập vào cơ thể, nó sẽ tìm kiếm các thụ thể thích hợp - các protein ở bên ngoài các tế bào để xâm nhập vào.
Mặc dù trong 1.099 trường hợp nghiên cứu cũng đã phát hiện virus trong các mẫu phân, nhưng cũng chưa đủ để kết luận virus có thể lây lan qua phân. 
Một nghiên cứu năm 2014 cho thấy 92% bệnh nhân mắc MERS có ít nhất một biểu hiện của coronavirus bên ngoài phổi: Men gan tăng, số lượng bạch cầu và tiểu cầu giảm, và huyết áp giảm. Trong một số ít trường hợp, bệnh nhân bị tổn thương thận cấp và ngưng tim.
Nhưng đây không nhất thiết là một dấu hiệu cho thấy bản thân virus đang lây lan khắp cơ thể mà chỉ là sự lan tràn của các cytokine, protein được sử dụng bởi hệ thống miễn dịch như tín hiệu báo động. 
Trong một số trường hợp nhiễm COVID-19 trầm trọng nhất, phản ứng cytokine đã kết hợp với khả năng bơm oxygen đến phần còn lại của cơ thể bị suy giảm, có thể dẫn đến suy đa tạng. Các nhà khoa học không biết chính xác lý do tại sao một số bệnh nhân gặp phải các biến chứng bên ngoài phổi, nhưng nó có thể liên quan đến các bệnh nền như bệnh tim hoặc đái tháo đường. Ngay cả khi virus không xâm nhập vào thận, gan và lá lách và những nơi khác, nó có thể có tác dụng tới các cơ quan này.
Các bác sĩ đã thấy các dấu hiệu tổn thương gan với SARS, MERS và COVID-19 - thường là nhẹ - mặc dù các trường hợp nghiêm trọng hơn đã dẫn đến tổn thương gan nghiêm trọng và thậm chí suy gan. 
Một khi một loại virus xâm nhập vào máu, chúng có thể đến bất kỳ bộ phận nào trên cơ thể của bạn. Gan là một cơ quan giàu mạch máu vì vậy một coronavirus có thể rất dễ dàng xâm nhập vào gan. 
 6% bệnh nhân SARS, và một phần tư số bệnh nhân MERS bị tổn thương thận cấp. Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng coronavirus chủng mới có thể gây ra điều tương tự. 
Các ống thận dường như bị ảnh hưởng nhiều nhất bởi các coronavirus chủng mới này. Sau khi dịch SARS bùng phát, WHO đã báo cáo rằng virus này được tìm thấy trong ống thận - những cấu trúc này đã bị viêm.
Phát hiện đó cho thấy tổn thương thận cấp ở bệnh nhân SARS có thể là do nhiều nguyên nhân khác nhau, bao gồm huyết áp thấp, nhiễm trùng huyết, thuốc hoặc một rối loạn chuyển hóa. Trong khi đó, những trường hợp nghiêm trọng hơn dẫn đến suy thận cấp.
Suy thận cấp đôi khi cũng có thể là do dùng kháng sinh, suy đa cơ quan hoặc được dùng máy thở quá lâu. 
PGS.TS Nguyễn Anh Tuấn (Phó Viện Trưởng Viện Tiêu hóa, Bệnh viện T.Ư Quân đội 108)